Browsing by Author "Abad Giron, Abelardo"

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    Derivados de inhibidores de DPP-4 con actividad sobre Mpro SARS-Cov-2: un estudio in silico
    (Universidad Nacional de Trujillo, 2023) Abad Giron, Abelardo; Villarreal la Torre, Víctor Eduardo
    Esta investigación tuvo como objetivo determinar derivados de inhibidores DPP-4 con actividad sobre Mpro SARS-Cov-2. Para lograr este fin, se prepararon bioisósteros de Sitagliptina empleando la base de datos ZINC20, como resultado se obtuvo 50 bioisósteros, de los cuales se seleccionaron 27 por presentar mejor absorción gastrointestinal y no atravesar barrera hematoencefálica, bajo el uso de las herramientas web SwissADME y la gráfica modelo BOILED-egg. Sucesivamente, con Open Babel se realizaron las estructuras 3D de los ligandos, se agregaron hidrógenos polares y cargas a pH fisiológico 7,4. La estructura cristalina de la proteasa Mpro de SARS-Cov-2 se obtuvo de la Base de Datos de Proteínas (Protein Data Bank – PDB) bajo el código 7BB2, que fue tratada previamente con el programa PyMOL y parametrizada usando AutoDock Tools. La realización del docking molecular fue bajo el empleo algoritmo Autodock Vina; así mismo, las posiciones de acoplamiento vinculantes se inspeccionaron utilizando los programas PyMOL y Discovery Studio. Como resultado se encontró que la interacción más favorable la presentó M17 por presentar baja energía de unión y un mayor número de puentes de hidrógeno. Con la constante de inhibición (ki) y la eficiencia del enlace (LE) se encontró que las moléculas M2, M5, M7, M11, M12, M16, M17, M20, M24 y M30 presentan mejor o igual energía de afinidad que el referente, una potencia favorable, pero en la eficiencia del enlace tiene valores entre -0,24 y -0,28. Adicionalmente, el análisis de las propiedades farmacocinéticas se realizó en pkCSM, evidenciándose que M5 tiene la capacidad de inhibir el transporte de P-gp I y P-gp II P. M5 es sustrato de la CYP3A4; sumado a esto se observa qué M5 y M17 son sustrato de CYP3A4, M5 además inhibe CYP2C19. El clearence para M5 y M17 presenta un valor log ml/min/kg de 0,348 y 0,204 respectivamente, considerado aceptable. Finalmente, a excepción de M30, ninguna de las moléculas es sustrato del transportador de catión orgánico 2 (OCT2) renal, ni tampoco da positivo al test de AMES.