Browsing by Author "Mendoza Chiquipoma, Carlos Eduardo Junior"

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    Análisis estructural, funcional y filogenético in silico de la proteína ARNasa H2A de reptiles y aves
    (Universidad Nacional de Trujillo, 2022) Mendoza Chiquipoma, Carlos Eduardo Junior; Zavala De La Cruz, Fátima
    La presente investigación tuvo como objetivo analizar in silico la estructura, función y filogenia de la ARNasa H2A de reptiles y aves. Las secuencias fueron tomadas del NCBI y procesadas con la herramienta BLAST; así mismo, se usaron diferentes softwares como MEGA X para generar el árbol filogenético y servidores como Protparam para determinar las propiedades fisicoquímicas, Fuel-mLoc, BaCelLo y Euk-mPloc para la ubicación subcelular, CFSSP para determinar las probabilidades de tipos de estructura secundaria, Phyre2 para el modelamiento 3D, el software VMD para visualizar y evaluar la calidad de los modelos 3D, la base de datos STRING para la red de interacción proteica y el servidor Pprint para la identificación de los residuos que interactúan con el ARN. Los Resultados indican que la ARNasa H2A relaciona filogenéticamente a los Arcosaurios con los Testudines, distanciando a los Squamata; las ARNasas H2A de reptiles y aves tienen puntos isoeléctricos ácidos, pesos moleculares alrededor de 32.00 kDa, longitudes de 211 a 358 aminoácidos, el índice de inestabilidad en reptiles es inferior a 40 y en aves es superior, las ARNasas H2A son proteínas termoestables e hidrofílicas, se componen principalmente de alanina, valina y leucina, se encuentran en el núcleo y/o citoplasma, presentan estructuras secundarias del tipo alfa y beta principalmente, su núcleo catalítico está compuesto por hojas beta y rodeado por hélices alfa en su estructura 3D, interactúan con las proteínas ARNasa H1, ARNasa H2B y PCNA, y reconoce a su sustrato mediante aminoácidos polares y apolares. En conclusión, las ARNasas H2A de reptiles y aves muestran diferencias y similitudes estructurales y funcionales que permite comparar filogenéticamente ambos grupos.