Caracterización estructural de proteínas expresadas por Trichoderma spp. asociadas al efecto nematicida en los cultivos de Asparagus officinalis L. y Vitis vinífera L. por aproximación protéomica
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Date
2017
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Publisher
Universidad Nacional de Trujillo
Abstract
RESUMEN
En el presente trabajo, en forma preliminar, fue realizado un análisis estructural de dos hidrolasas: endoquitinasa (T5) y glucanasa (T6) por aproximación proteómica de 4 cepas de Trichoderma: T. asperellum, T. viride, T. atrovoride y T. harzianum. denominados como T5 y T6.
Ambas celulasas, fueron separadas por cromatografía líquida de alta eficiencia (HPLC de fase reversa) usando una columna análitica C-18, con un alto grado de resolución. Se separaron para todas cepas nueve (9) picos protéicos denominados como T1 a T9 respectivamente. Posteriormente se seleccionaron las celulasas correpondientes a los picos T5 y T6 para las 4 cepas de Trichoderma estudiadas, por ser de importancia en el mecanismo de control de Meloidogyne incógnita.
Posteriormente para corroborar el grado de pureza y homogeneidad molecular, fueron realizados una electroforesis bidimensional (2D), en el que se reveló un perfil de spots de proteínas semejantes para las 4 cepas en estudio, siendo identificadas las cepas T5 y T6 para su posterior estudio de aproximación proteómica.
Cada uno de los picos correspondientes a las proteínas indentificadas como T5 y T6 de las cuatro cepas de Trichoderma, fueron sometidas a una hidrólisis tríptica, con el objetivo de seleccionar uno de sus péptidos generados a fin de realizar un secuenciamiento de los mismos por espetrometría de masa MALDi TO/TOF y poder realizar la búsqueda de la identidad en la base de datos de UniProtKB/Swiss-Prot. Por Medio del Software PROTEINPILOT, se identificó que estas secuencias pertenecen a la que fueron identificadas en las familias endoquitinasas y gluconasas.
El secuenciamiento de “novo”, contribuyó significativamente para poder establecer regiones consenso para todos los péptidos generados y estudiados en la homología secuencial, para las cuatro cepas de Trichoderma; T. asperrellum, T. viride, T. atrovoride y T. harzianum.
Description
ABSTRACT
In the present work, preliminarily, it was conducted a structural analysis of two hydrolases : Endochitinase (T5) and glucanase (T6) by proteomic approach of four strains of Trichoderma: T. asperellum, T. viride, and T. atrovoride T. harzianum. referred to as T5 and T6.
Both cellulases were separated by high performance liquid chromatography (HPLC reverse phase) using a C-18 analytical column, with a high degree of resolution. They separated for all strains nine (9) proteinaceous peaks referred to as T1 to T9 respectively. Subsequently cellulases caesarean to T5 and T6 were selected for the 4 strains of Trichoderma studied, being of importance in the control mechanism of Meloidogyne incognita.
Afterwards in order to confirm the purity degree and molecular homogeneity was performed a two-dimensional electrophoresis (2D). In which a fellow men proteins spots profile was revealed for all 4 strains under study, being identified T5 and T6 strains for their subsequent proteomic approach study.
Each of the peaks corresponding to the proteins indentificadas as T5 and T6 of the four strains of Trichoderma, were subjected to a tryptic hydrolysis, in order to select one of the peptides generated a view to make an sequencing of them by espetrometría of MALDI mass tO / TOF and to search for identity in the database UniProtKB / Swiss-Prot. Through The PROTEINPILOT Software it identifies that these sequences belong to which were identified in families endochitinases and glucanases.
Sequencing of "novo", contributed significantly to establish consensus regions for all peptides generated and studied in sequence homology for the four strains of Trichoderma; T. Asperrellum, T. viride, T. harzianum and T. atrovoride.
Keywords
Aproximación proteómica, Trichoderma spp, Meloidogyme incognita, Gluconasa y endoquitinasa