Identificación molecular y genotipificación de aislados de Staphylococcus aureus mediante REP- PCR y secuenciamiento de DNA genómico
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Date
2020-01-17
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Publisher
Universidad Nacional de Trujillo
Abstract
Se identificó y genotipificó Staphylococcus aureus aislados de muestras clínicas y alimentos mediante técnicas de PCR y secuenciamiento de DNA genómico. Se obtuvo el DNA de 20 aislados de S. aureus las que se caracterizaron en primera instancia por microbiología convencional, utilizando el sistema de identificación y antibiograma MICROSCAN®. La identificación molecular de los aislados se realizó mediante PCR multiplex para 3 genes específicos: coa (coagulasa), nuc (nucleasa), 16S rDNA (16S rDNA); y por secuenciación del gen 16S rDNA. Para la genotipificación de las cepas se utilizaron 2 metodologías: REP-PCR y MLST. Se logró identificar molecularmente los 20 aislados de S. aureus, mediante PCR multiplex y secuenciamiento del gen 16S rDNA. Se encontraron 7 genotipos (A, B, C, D, E, F, G, H) distintos mediante la técnica de REP-PCR y 10 genotipos (STs 5, 6, 25, 97, 101, 106, 2090, 2372, 3125, 5409) mediante la técnica MLST con el genotipo de mayor frecuencia ST97 en muestras de leche. Estos resultados permitieron concluir que, mediante el uso de estas técnicas se identificó y genotipificó a Staphylococcus aureus aislados de muestras clínicas y alimentos.
Description
Staphylococcus aureus isolated from clinical and food samples were identified and genotyped by PCR techniques and genomic DNA sequencing. The DNA samples of 20 isolates of S. aureus were obtained, which were characterized in the first instance by conventional microbiology, using the MICROSCAN® identification and antibiogram system. The molecular identification of the isolates was performed by multiplex PCR for 3 specific genes: coa (coagulase), nuc (nuclease), 16S rDNA (16S rDNA); and by sequencing the 16S rDNA gene. Two methodologies were used for genotyping the isolates: REP-PCR and MLST. The 20 S. aureus isolates were molecularly identified by multiplex PCR and sequencing of the 16S rDNA gene. 7 different genotypes (A, B, C, D, E, F, G, H) were found using the REP-PCR technique and 10 genotypes (STs 5, 6, 25, 97, 101, 106, 2090, 2372, 3125, 5409) using the MLST technique with the ST97 highest frequency genotype in milk samples. These results allowed us to conclude that, by using these techniques, Staphylococcus aureus isolated from clinical samples and food were identified and genotyped.
Keywords
Staphylococcus aureus, rep- PCR, 16S rDNA