Tesis de Biologicas

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Análisis Bioinformático de Variantes del Viroide del Manchado Solar del Palto y los Genes de Proteínas de Unión a ARN del Cloroplasto de Persea americana
(Universidad Nacional de Trujillo, 2017) Alfaro Aguirre,Elky Thali; Zavala De La Cruz, Fatima
El Viroide del Manchado Solar del Palto, ASBVd, es un patógeno que genera estragos en el cultivo Persea americana “palto” a nivel mundial. Se conoce que es una estructura de ARN circular de aproximadamente 247 nt y que posee varias cuasi-especies o variantes. En este estudio se realizó un análisis de variabilidad entre la totalidad de las accesiones de variantes del ASBVd en el GenBank, calculando así los porcentajes de mutaciones puntuales. Se encontraron 104 secuencias de ASBVd con 0.251% de deleciones, 0.407% de inserciones, 0.290% de transiciones y 0.568% de transversiones. Se construyó un árbol filogenético, usando el software libre MEGA 7, donde se determinó que las accesiones de ASBVd están divididas en tres subgrupos con inicios de divergencia distintos a partir de su antecesor común. Finalmente, se encontraron los niveles de homología entre genes rbp33 y rbp35, que codifican para las proteínas PARBP33 y PARBP35 que están íntimamente relacionadas con el ASBVD, y RBPs o secuencias similares en otras especies. Los genes rbp33 y rbp35 mostraron 63.270% de homología, rbp33 vs. otras especies mostraron 55.162% de homología y rbp35 vs. otras especies mostraron 51.673% de homología.