Caracterización del genoma del cloroplasto de Capsicum chinense Jacq. “ají mochero”
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Date
2024
Authors
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Publisher
Universidad Nacional de Trujillo
Abstract
En este estudio, caracterizamos el genoma del cloroplasto de C. chinense Jacq. "ají mochero" proveniente de La Encalada de El Golf, Trujillo – Perú utilizando la Next Generation Sequencing, Illumina. Los resultados de secuenciación mostraron que el tamaño total del genoma cloroplastidial es de 156, 849 bp, conteniendo una región de copia única larga (LSC por sus siglas en inglés) de 87,330 bp y una región de copia única corta (SSC por sus siglas en inglés) de 17,913 bp, separadas por un par de regiones invertidas repetidas (IRs por sus siglas en inglés) de 25,803 bp. Un total de 133 genes, incluyendo 86 genes que codifican proteínas, 37 genes de tRNA y 8 genes de rRNA. El análisis filogenético reveló que C. chinense "ají mochero" está cercanamente emparentado con una variedad de C. chinense caracterizado por el Instituto Nacional de Ciencias Agrícolas de Corea del Sur y estas dos variedades a la vez se emparentan con el clado de la variedad local peruana “pukunucho”.
In this research we reported and characterized the complete chloroplast genoma sequence of C. chinense Jacq. "ají mochero" from La Encalada of El Golf, Trujillo – Perú, using Next Generation Sequencing, Illumina. The total lenght of the chloroplast genome is 156, 849 bp, containing a large single-copy region (LSC) of 87,330 bp and a small single-copy region (SSC) of 17,913 bp separated by a pair of inverted repeats (IRs) of 25,803. The cp genome harbors 133 known genes, including 86 protein-coding genes, 8 ribosomal RNA genes, and 37 tRNA genes. Phylogenomic analysis revealed that C. chinense "ají mochero" was most closely related to a landrace of C. chinense characterized by the National Institute of Agricultural Sciences of South Korea and these two landraces are related to the clade of the local peruvian ladrace “pukunucho”.
In this research we reported and characterized the complete chloroplast genoma sequence of C. chinense Jacq. "ají mochero" from La Encalada of El Golf, Trujillo – Perú, using Next Generation Sequencing, Illumina. The total lenght of the chloroplast genome is 156, 849 bp, containing a large single-copy region (LSC) of 87,330 bp and a small single-copy region (SSC) of 17,913 bp separated by a pair of inverted repeats (IRs) of 25,803. The cp genome harbors 133 known genes, including 86 protein-coding genes, 8 ribosomal RNA genes, and 37 tRNA genes. Phylogenomic analysis revealed that C. chinense "ají mochero" was most closely related to a landrace of C. chinense characterized by the National Institute of Agricultural Sciences of South Korea and these two landraces are related to the clade of the local peruvian ladrace “pukunucho”.
Description
Keywords
Capsicum, variedad local, ají mochero, genoma cloroplastidial, filogenia